Naruto Uzumaki is een jonge jongen, die wordt afgesloten Kurama (Devetoopashatata Fox Demon). Twaalf jaar voor het begin van het verhaal, vos aangevallen Konoha- dorp verborgen in de bladeren, het doden van veel mensen. Om Konoha te redden van zekere ondergang, de leider van het dorp en ninjas in het - vierde Hokage - opgeofferd aan de demon in Naruto af te dichten, op de dag van zijn geboorte. Inwoners van Konoha echter behandeld Naruto alsof hij een demon en vermeden gedurende het grootste deel van zijn jeugd. Derde Hokage, die na zijn dood de vierde vervangen, heeft een wet aangenomen die niemand noemt de aanval op Fox op Konoha. Dit omvatte Naruto, die zich niet bewust zijn van de demon in hem was. Jaren later, Naruto wordt bedrogen door Mizuki verrader ninja om een rol van Naruto Costumes verboden technieken te stelen, maar werd tegengehouden door zijn leraar - Iruka Umino. Mizuki in strijd met het verbod om de waarheid over het afdichten van de demon te onthullen, zodat Naruto leert dat hij is afgesloten voor Devetoopashatata Fox. Toen Iruka werd zwaar gewond verdedigen Naruto van Mizuki, Naruto jutsu gebruikt wat hij uit de boekrol geleerd en maakt meerdere klonen van zichzelf, Schaduw Kloon Techniek, om Mizuki verslaan.
De belangrijkste verhaal volgt Naruto en zijn klasgenoten aan de Academie voor Ninjas. Naruto raakt bevriend met Sasuke Uchiha en Sakura Haruno, die samen met hem in Team 7 onder toezicht van getalenteerde ninja Kakashi Hatake. Net als alle andere teams in het dorp, moet Team 7 missies uit te voeren en verzoekt de boeren, bijvoorbeeld, het huishouden doet of bodyguards iemand. Na een aantal missies, Kakashi maakt het team deel te nemen aan de Chuunin examen die hen in staat stelt om een hogere ranking te verwerven en deel te nemen in moeilijkere missies. Tijdens het examen, Orochimaru - de meest gezochte crimineel van Konoha, vielen het dorp en doodt derde Hokage voor wraak. Een van de drie legendarische ninjas - Dzhirayya heeft als taak om zijn voormalige teamgenoten vinden - Tsunade gekozen om de vijfde Hokage. Tijdens het zoeken, bleek dat Orochimaru wil Sasuke brengen vanwege zijn opmerkelijke capaciteit en genetische erfgoed. In de overtuiging dat Orochimaru hem de kracht Naruto Costumes die nodig is om zijn wraak te vervullen op zijn broer Itachi die zijn hele clan gedood kon geven, Sasuke vermeden hem. Tsunade stuurt een groep ninja waaronder Naruto Sasuke terug te keren naar Konoha, maar Naruto mislukt in zijn poging om hem te verslaan en hem terug te brengen. Naruto geeft niet op en laat Konoha om te trainen voor de komende twee en een half jaar met Dzhirayya als voogd, die zich voorbereidt op zijn volgende ontmoeting met Sasuke.
